С помощью специального прибора "Анимус", которое считывает генетическую память человека, Каллум Линч переживет приключения своего дальнего предка - Агилара, испанского ассасина XV века, который в свое время воевал с тамплиерами. После чего Линч, обучившись древнему искусству убивать, решает продолжить дело предка и сражаться с тамплиерами уже в современные дни.